fa تعیین ساختار ژنتیکی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس به روش MIRU-VNTR میکروب شناسی Microbiology تحقيقي Original Articles زمینه و هدف : روش MIRU-VNTR به یکی از فراگیرترین روش‌های استاندارد شده ژنوتایپینگ مایکوباکتریوم توبرکلوزیس کمپلکس تبدیل شده است. این مطالعه به منظور تعیین ساختار ژنتیکی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس به روش MIRU-VNTR و نیز تعیین نقش اعضای دیگر مایکوباکتریوم توبرکلوزیس کمپلکس در ایجاد بیماری سل انجام گردید. روش بررسی : این مطالعه توصیفی روی 53 جدایه حاصل از کشت باکتریایی نمونه‌های خلط و لاواژ معدی بیماران مشکوک به بیماری سل انجام شد. به منظور تعیین هویت جدایه‌ها در ابتدا از آزمون‌های 16S rRNA و Rv Typing و در مرحله بعد از آزمون RD typing استفاده شد. سپس با به‌کارگیری 12 لوکوس شناخته شده MIRU-VNTR typing ژنوتایپ جدایه‌ها مشخص گردید. یافته‌ها : در مجموع 44 تیپ ژنتیکی مورد شناسایی قرار گرفت. به‌طوری که 13 جدایه در 4 تیپ ژنتیکی به‌صورت مشترک یک ژنوتیپ را از خود نشان دادند و 40 تیپ ژنتیکی هر کدام فقط توسط یک جدایه نمایش داده شدند. در مقایسه میان لوکوس‌های 12 گانه MIRU-VNTR از نظر قدرت تفریق مشخص گردید MIRU-26 با 7 آلل قدرتمندترین توان افتراق میان جدایه‌ها را از خود نشان داده است. به طوری که Simpson’s diversity index در این لوکوس عدد 0.767 بود. به‌جز یک جدایه با هویت مایکوباکتریوم بوویس، 52 جدایه دیگر مایکوباکتریوم توبرکلوزیس بودند. هیچ‌یک از نمونه‌ها به سایر اعضای مایکوباکتریوم توبرکلوزیس کمپلکس آلوده نبودند. همچنین آلودگی همزمان نمونه‌ها به بیش از دو سویه مشاهده نشد. نتیجه‌گیری : اگرچه 42 تیپ ژنتیکی MIRU-VNTR در میان 53 جدایه تحت مطالعه شناسایی شد؛ اما دستکم در 19 مورد تفاوت میان این تیپ‌ها، فقط در مورد یک لوکوس از 12 لوکوس به‌کاررفته مشاهده گردید. بدین ترتیب در مجموع جمعیت ژنتیکی نسبتاً همگنی از جدایه‌ها مشاهده گردید. اگرچه شناسایی 13 جدایه اپیدمیک در قالب 4 تیپ ژنتیکی می‌تواند به عنوان نشانه انتقال بیماری در میان مبتلایان باشد؛ اما در مجموع انتقال بیماری در بیماران تحت بررسی چندان گسترده به‌نظر نمی‌رسد. Background and Objective: MIRU-VNTR typing is currently one of the most frequently-used standardized genotyping systems in molecular epidemiology of tuberculosis in the world. This sudy was done to determine the Mycobacterium tuberculosis genotyping by MIRU-VNTR method. Methods: This descriptive study was done on sputum, gastric lavage clinical specimens of 53 tuberculosis suspected patients. Fifty-three isolates were identified by 16S rRNA and Rv-typing followed by RD typing. They were then subjected to a 12-locus (ETRA, ETRB, ETRC, ETRD, ETRE and ETRF, MIRU-10, MIRU-26, MIRU-39, MIRU-30 plus QUB-11b) MIRU-VNTR typing system. Results: In MIRU-VNTR typing, forty-four types were identified with 13 isolates classified in 4 clustered and the remaining 40 isolates representing 40 orphan patterns. In comparative analysis of MIRU-VNTR loci, MIRU-26 with 7 alleles displayed the highest diversity level (Simpson’s diversity index = 0.767. Out of the 53 isolates, only one was identified as Mycobacterium bovis. All the remaining isolates were characterized as Mycobacterium tuberculosis. None of the samples was affected to Mycobacterium complex strain. No evidence of either double or co-infection of the patients with more than one species/strain was detected. Conclusion: While the genomic diversity observed by MIRU-VNTR typing sounds extensive, the population genomic structure on the whole however, seems to be homogenous. Recent transmission between studied patients does not appear to be a frequent event as only 13 isolates representing 4 MIRU-VNTR types, were assumingly epidemic. مایکوباکتریوم توبرکلوزیس کمپلکس , مایکوباکتریوم بوویس , RD typing , Rv typing , MIRU-VNTR genotyping Mycobacterium tuberculosis complex, Mycobacterium bovis, RD typing, Rv-typing, MIRU-VNTR genotype 97 107 http://goums.ac.ir/journal/browse.php?a_code=A-10-1-811&slc_lang=fa&sid=1 Ahmadi M مهدی احمدی 5900319475328460050101 5900319475328460050101 No Vaccine Expert, Razi Vaccine & Serum Research Institute, Arak, Iran کارشناس ارشد واکسن، مؤسسه تحقیقات واکسن و سرم‌سازی رازی، شعبه اراک Tadayon K کیوان تدین k.tadayon@rvsri.ac.ir 5900319475328460050102 5900319475328460050102 Yes Assistant Professor, Razi Vaccine & Serum Research Institute, Karaj, Iran استادیار، مؤسسه تحقیقات واکسن و سرم‌سازی رازی، کرج Mosavari N نادر مصوری 5900319475328460050103 5900319475328460050103 No Assistant Professor, Razi Vaccine & Serum Research Institute, Karaj, Iran استادیار، مؤسسه تحقیقات واکسن و سرم‌سازی رازی، کرج Farazi AA علی‌اصغر فرازی 5900319475328460050104 5900319475328460050104 No Associate Professor, Tropical and Infectious Diseases Department, Arak University of Medical Sciences, Arak, Iran دانشیار، گروه بیماری‌های عفونی و گرمسیری، دانشگاه علوم پزشکی اراک Arjomandzadegan M محمد ارجمندزادگان 5900319475328460050105 5900319475328460050105 No Associate Professor, Microbiology & Immunology Department, Arak University of Medical Sciences, Arak, Iran دانشیار، گروه میکروب شناسی و ایمنی شناسی، دانشگاه علوم پزشکی اراک Keshavarz R روح اله کشاورز 5900319475328460050106 5900319475328460050106 No Veterinarian, Razi Vaccine & Serum Research Institute, Karaj, Iran دامپزشک، مؤسسه تحقیقات واکسن و سرم‌سازی رازی، کرج Banihashemi R رضا بنی‌هاشمی 5900319475328460050107 5900319475328460050107 No Vaccine expert, Razi Vaccine & Serum Research Institute, Karaj, Iran کارشناس ارشد واکسن، مؤسسه تحقیقات واکسن و سرم‌سازی رازی، کرج Sekhavati M محمد سخاوتی 5900319475328460050108 5900319475328460050108 No Vaccine expert, Razi Vaccine & Serum Research Institute, Karaj, Iran کارشناس ارشد واکسن، مؤسسه تحقیقات واکسن و سرم‌سازی رازی، کرج Hamedi D داریوش حامدی 5900319475328460050109 5900319475328460050109 No Microbiologist, Razi Vaccine & Serum Research Institute, Karaj, Iran کارشناس ارشد میکروب‌شناسی، دانش‌آموخته مؤسسه تحقیقات واکسن و سرم‌سازی رازی، کرج Eramabadi M مریم ارم آبادی 5900319475328460050110 5900319475328460050110 No Microbiologist, Razi Vaccine & Serum Research Institute, Karaj, Iran کارشناس ارشد میکروب‌شناسی، دانش‌آموخته مؤسسه تحقیقات واکسن و سرم‌سازی رازی، کرج Jabbari M منصوره جباری اصل 5900319475328460050111 5900319475328460050111 No General Physician, Tuberculosis Expert, Arak University of Medical Sciences, Arak, Iran پزشک عمومی، مرکز بهداشت و کارشناس سل استان مرکزی، دانشگاه علوم پزشکی اراک Ghaderi R رایناک قادری 5900319475328460050112 5900319475328460050112 No Veterinarian, Razi Vaccine & Serum Research Institute, Karaj, Iran دامپزشک، مؤسسه تحقیقات واکسن و سرم‌سازی رازی، کرج Hoseini D سیدداوود حسینی 5900319475328460050113 5900319475328460050113 No Assistant Professor, Arak Branch, Razi Vaccine & Serum Research Institute, Arak, Iran استادیار، مؤسسه تحقیقات واکسن و سرم‌سازی رازی، اراک Dashtipour Sh شجاعت دشتی‌پور 5900319475328460050114 5900319475328460050114 No Vaccine Expert, Razi Vaccine & Serum Research Institute, Karaj, Iran کارشناس واکسن، مؤسسه تحقیقات واکسن و سرم‌سازی رازی، کرج